functions.phpに記述する方法は下記。
これで検索結果からカテゴリID 1/2/3/4/5/6 は除外されるようになります。

function SearchExcludeCategoryFilter($query) {
    if ($query->is_search) { $query->set('cat','1,2,3,4,5,6'); }
    return $query;
}
 add_filter('pre_get_posts','SearchExcludeCategoryFilter');